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荧光显微镜是以紫外线为光源，用以照射被检物体，使之发出荧光，然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置。用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
荧光显微镜使用方法．
1．打开灯源，超高压汞灯要预热几分钟才能达到最亮点。
2．透射式需在灯源与聚光器之间装上所要求的激发滤片，在物镜的后面装上相应的阻断滤片。落射式需在光路的插槽中插入所要求的激发滤片／双色束分离器／阻断滤片的插块。
3．用低倍镜观察，根据不同型号调节装置，调整光源中心，使其位于整个照明光斑的中央。
4．放置标本片，调焦后即可观察。使用中应注意：末装滤光片不要用眼直接观察，以免引起眼的损伤；用油镜观察标本时，必须用无荧光的特殊油镜；高压汞灯关闭后不能立即重新打开，需经5分钟后才能再启动，否则会不稳定，影响汞灯寿命。
荧光显微镜是用来看荧光标本的，它的波长短，普通显微镜是用普通可见光源看标本的。在各领域中的应用都非常广泛,在植物细胞的观察研究中,通过染色可以更清晰地观测到细胞的形态及结构。在实验中发现,还可以直接(不做任何处理)观察植物叶的气孔器,而且能观察到气孔的变化情况,为其找到了一种新用途。
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